Únicamente quedan algunos vestigios de la iglesia del convento y una galería de arcos en el ala sur. El templo, edificado antes de la segunda mitad del siglo XV, consta de una sola nave, con capillas entre los contrafuertes, eliminadas en la restauración de 1964, y coro a los pies edificado en 1466. Se cubre con bóveda de crucería, en seis tramos.

Como nota característica resalta el bajo nivel de la iglesia con respecto al Paseo, hecho que ya causó problemas de filtraciones de agua en el siglo XV. Actualmente, y merced a la restauración citada anteriormente, se halla muy transformado y tan sólo se aprecian con claridad las bóvedas; incluso la cabecera que debía ser de varios lados, como la de trinitarios, se ha convertido en plana. Alejandro Cañada, pintor zaragozano, realizó unas pinturas que decoran los muros del templo.