Del edificio románico -posiblemente construido sobre la Mezquita Mayor de Daroca una vez reconquistada la ciudad por Alfonso I en 1120- sólo se conserva el ábside orientado hacia el este, una ventana del crucero y la moldura con ajedrezado del primitivo lado del Evangelio. Su cabecera corresponde con la actual capilla de los Corporales; opuesta a ella, la puerta principal, del Perdón. Es obra de los últimos años del siglo XII y de los primeros del XIII. Llama la atención, al exterior, el particular sistema de montar el tejado, sobre modillones que apean en arquillos.

La puerta del Perdón presenta en su tímpano la visión del Apocalipsis: Cristo triunfante entre el sol y la luna, y ángeles que portan los instrumentos de la Pasión; es adorado por la Virgen y San Juan, que interceden por los hombres, los cuales son despertados de sus tumbas por ángeles trompeteros. Es obra del siglo XIV que fue remodelada arquitectónicamente en el siglo XV. La torre es de piedra sillar, obra de 1441, costeada por doña María, la mujer de Alfonso V, y enfunda otra anterior, mudéjar, de los siglos XIII y XIV.

CAPILLAS.

En el interior de la iglesia, comenzando a la mano derecha de la entrada, se suceden distintas capillas. La primera, la capilla del Patrocinio, está cubierta con bóveda estrellada, acogiendo un retablo con mazonería renacentista, obra muy posiblemente de Juan de Palamines, en cuyo interior destacan grupos escultóricos policromados con figuras y relieves en alabastro, representando el Nacimiento de Jesús, la Coronación de la Virgen y la Adoración de los Reyes entre otros, todo obra del s. XV. A ambos lados se encuentran la sepultura en alabastro de una canonesa de Rueda, obra de finales del s. XV, y el sepulcro bajo arcosolio de un caballero yacente en sarcófago de rasgos renacentistas y ángeles góticos. La capilla se cierra con una verja del s. XVI.

Sigue la capilla de la Anunciación, mandada construir en 1609 por Pedro Terrer de Valenzuela. El retablo es obra de Juan Miguel de Orliens, concluído el 31 de octubre de 1609 dentro de un estilo romanista. En los muros laterales aparecen pinturas relativas a Melquisedec y Moisés. En las cuatro trompas aveneradas de la capilla se representa a los cuatro Evangelistas en altorrelieve, obra también de Orliens. En el pavimento está la lauda sepulcral de bronce perteneciente al arzobispo Terrer de Valenzuela. La verja que cierra la capilla, de bronce dorado con las armas de los Terrer, es obra del rejero de Zaragoza Juan Blanco con diseño de Juan Miguel de Orliens, quedando manifiesta la colaboración del escultor en la concepción total de la capilla.

La tercera, la capilla de los Corporales, es la antigua cabecera de la iglesia románica. Es una afortunada (y rara en España) construcción de tipo franco-flamenco. Toda la capilla forma parte de un conjunto unitario con decoración gótico-flamígera, siguiendo el concepto de capilla-relicario, donde se custodian los Corporales. Parece que se empezó por encargo de Juan II de Aragón y se terminó con el Rey Católico; en ella pudo trabajar el escultor darocense Juan de la Huerta y asimismo Pere Johán, que trabajaba en el retablo de La Seo de Zaragoza. A finales del siglo XVII se abrió el óculo que sirve de ostensorio y se pintaron las figuras con ribetes y lunares dorados. Llaman la atención los relieves que narran la historia del milagro de los Corporales, con un hábil y gracioso trabajo lleno de detalles documentales de la época.